W czerwcu 1938 władze zakonne powierzyły o. Huchrackiemu urząd gwardiana klasztoru franciszkańskiego w Miejskiej Górce na Goruszkach koło Rawicza. Tam zastała go wojna. W lutym 1940 do klasztoru przywieziono okolicznych księży. Stał się on miejscem internowania. Zabroniono opuszczać teren zabudowań klasztornych.

 

O. Euzebiuszowi, wiedząc o jego śląskim pochodzeniu i wcześniejszej służbie w armii niemieckiej, zaproponowano udanie się do Generalnego Gubernatorstwa. Stanowczo odmówił. Według naocznych świadków, miał odpowiedzieć niemieckiemu oficerowi: „Ich bin Pole und ich bleibe Pole!” („Jestem Polakiem i Polakiem zostanę!”). 2 kwietnia 1941 oficjalnie zlikwidowano klasztor, przeznaczając budynek na cele więziennictwa. O. Euzebiusz po zinwentaryzowaniu mienia wyjechał w towarzystwie dwóch innych zakonników do Lubinia, a następnie w październiku tego samego roku do poznańskiego Fortu VII. Do niemieckiego obozu koncentracyjnego w Dachau o. Euzebiusz trafił wraz z innymi polskimi duchownymi 30 października 1941. W obozie otrzymał numer 28240. Przebywał w bloku 28, w izbie 4. Ze względu na zły stan zdrowia został osadzony z innymi księżmi katolickimi w obozie zagłady na zamku Hartheim pod Linzem (obecnie Austria)[1]) i został przeznaczony na zgładzenie. Tam zginął wraz z innymi chorymi i inwalidami zagazowany w samochodzie wyposażonym w komorę gazową. Żegnając się ze współwięźniami powiedział:

"Trzeba się na wszystko zgodzić, co Bóg da.... Z Bogiem!"